Para resolver el problema tuve que comparar varios archivos, buscar las diferencias y ensayar cada diferencia para encontrar el trozo de código que me causaba el error. Si me hubiera puesto a comparar con gedit cada archivo no hubiera terminado nunca, navegando encontré ExamDiff un programa muy liviano que me ayudo mucho pero que es para Windows. Ya con un poco más de tiempo halle Diffuse un programa multiplataforma, capaz de comparar hasta 16 archivos diferentes, organizarlos para encontrarles las diferencias y juntarlos en un solo archivo.
Diffuse es una herramienta enfocada a la comparacion de archivos de texto llano (texto sin formateo), archivos como css, javascript, html, xml y muchos otros. Es impresionante la utilidad que tiene para programadores y/o diseñadores web cuando queremos encontrar errores graves.
Para instalar Diffuse en Ubuntu ejecutamos en la terminal
Y queda instalado en Menu Principal/Programación/Diffuse utillaje de textos.
Para otros sistemas operativos
Windows 32 bits: Win32
Mac OS X: MacPorts: port install diffuse ó Fink: flink install diffuse
Mayor información e instrucciones de instalación para otros sistemas basados en linux la encuentran en diffuse.sourceforge.net
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